Morrison dịch Kinh Thánh sang tiếng Hoa, và soạn một quyển từ điển tiếng Hoa cho người phương Tây. Ông phải mất 12 năm cho bản dịch Kinh Thánh, và 16 năm cho nỗ lực biên soạn từ điển. Năm 1815, ông từ nhiệm khỏi Công ty Đông Ấn. Đến cuối năm 1813, toàn bộ Tân Ước Hoa ngữ được ấn hành. Morrison sử dụng ngôn ngữ đàm thoại cho bản dịch này.

Lúc ấy, bán đảo Malay đang là thuộc địa của Anh, do đó là địa điểm thuận tiện để huấn luyện các truyền đạo người Hoa rồi gởi họ trở lại đại lục. Do có nhiều người Hoa sống rải rác trong vùng, Milne đi khảo sát khắp vùng, và phân phối Tân Ước và các tiểu luận Cơ Đốc khi có cơ hội. Ông đến đảo Banca, rồi Batavia, thủ phủ của Java. Ở đây ông gặp thống đốc, được trợ giúp tài chính để đến thăm các khu định cư thuộc Java. Từ Java Milne tới Malacca, kế đó là Penang. Đến mùa thu năm 1814, Milne trở lại Quảng Châu.

Hai nhà truyền giáo tìm kiếm một địa điểm an toàn để mở cơ sở in ấn và huấn luyện các giáo sĩ người Hoa. Malacca được chọn do vị trí của nó ở giữa Ấn Độ và Trung Hoa, thuận lợi trong giao thông. Milne quyết định đến sống tại đây.

Bảy năm sau khi đặt chân đến Trung Hoa, ngày 14 tháng 5 năm 1814, Morrison cử hành lễ báp têm cho tín hữu đầu tiên. Người Hoa đầu tiên tiếp nhận đức tin Kháng Cách là Tsae A-Ko. Morrison thuật lại sự kiện này trong nhật ký, "tại dòng suối dưới chân một ngọn đồi dốc sát biển. Ở nơi vắng bóng người này, tôi đã cử hành lễ báp têm nhân danh Chúa Cha, Chúa Con, và Chúa Thánh Linh…. Tôi mong rằng người này sẽ là trái đầu mùa cho một đợt thu hoạch lớn."

Trong hoàn cảnh khó khăn như thế, hội thánh Trung Hoa bắt đầu phát triển.

Cùng lúc, Công ty Đông Ấn cho ấn hành quyển từ điển tiếng Hoa của Morrison, chi phí in ấn lên đến 10 000 bảng Anh. Thánh Kinh Hội cũng trợ giúp 1 000 bảng trả cho các khoản chi phí ấn hành Tân Ước. Một thành viên ban giám đốc Công ty Đông Ấn di chúc cho Morrison khoản tiền 1 000 bảng cho mục tiêu truyền bá Cơ Đốc giáo, ông sử dụng số tiền này cho việc ấn hành bản Tân Ước bỏ túi.

Năm 1817, Morrison hộ tống Lord Amherst trong chuyến đi sứ đến Bắc Kinh trong cương vị thông dịch viên. Chuyến đi đem ông qua nhiều thành phố và các vùng nông thôn, giúp ông khám phá nhiều khía cạnh trong đời sống Trung Hoa. Mặt khác, chuyến đi không chỉ phục hồi sức khỏe mà còn làm sống lại nhiệt tâm truyền bá phúc âm của Morrison. Trong xứ sở bao la đông đảo người này, chỉ đơn độc một cơ sở truyền giáo Kháng Cách của Morrison.

Một thành quả khác của Morrison, như là một nhà truyền giáo tiên phong, là thành lập một chẩn y viện, cung ứng sự điều trị nhân đạo và hiệu quả cho cư dân trong vùng. Morrison bị tác động mạnh bởi tình trạng khốn khó, nghèo khổ và nhiều bất hạnh của người nghèo ở Trung Hoa. Morrison tìm một thầy thuốc giỏi người Hoa, giao ông quản lý chẩn y viện với sự hỗ trợ của Bác sĩ Livingstone, một người bạn của Morrison.

Năm 1818, Morrison và Milne thành lập một trường học cho trẻ em người Hoa và Malay có tên Trường Anh Hoa, đến năm 1843 dời về Hong Kong khi lãnh thổ này trở thành thuộc địa của Anh.

Morrison hợp tác với Milne dịch Cựu Ước sang Hoa văn; trong hai dịch giả, Morrison là người am tường bản ngữ và thường phải hiệu đính bản dịch của đồng sự, Milne cũng tiến bộ rất nhiều và đóng góp đáng kể cho việc dịch thuật. Trong khi đó, các tiểu luận vẫn tiếp tục được ấn hành. Morrison cũng viết một quyển sách nhỏ tựa đề "Chuyến đi vòng quanh thế giới" với định ý giúp độc giả Trung Hoa làm quen với các tập quán và tư tưởng châu Âu để nhận ra rằng nền văn hóa này đã khởi nguồn từ các giá trị Cơ Đốc.

Tại Malacca, Morrison thành lập Đại học Anh Hoa với mục tiêu giới thiệu các giá trị phương Đông với thế giới phương Tây và ngược lại. Nói cách khác, đây là nỗ lực kiến tạo sự hiểu biết giữa hai nền văn minh, cũng là phương pháp hữu hiệu, theo góc nhìn của Morrison, giúp tư tưởng Cơ Đốc hội nhập với văn hóa Trung Hoa. Ngôi trường mở cửa cho tất cả sinh viên Trung Hoa muốn học biết về văn chương châu Âu, và cho tất cả sinh viên Âu châu muốn nghiên cứu văn hóa Trung Hoa. Các giáo sĩ, sau khi đến Trung Hoa, cũng tìm đến trường để trau giồi ngôn ngữ mà họ sẽ sử dụng để chia sẻ thông điệp phúc âm.

Đề án của Morrison nhận được sự đáp ứng thuận lợi. Hội Truyền giáo Luân Đôn hiến tặng đất. Tổng đốc Malacca và nhiều cư dân khác đóng góp tài chính. Morrison cũng trích 1 000 bảng Anh từ tài sản ít ỏi của mình. Milne được bổ nhiệm làm viện trưởng. Trong số các sinh viên đầu tiên của trường, không có ai là tín hữu Cơ Đốc. Là người xác tín với niềm tin Cơ Đốc, Morrison không chấp nhận việc xúc phạm đến tín ngưỡng của người khác, nhưng tin rằng chân lý Cơ Đốc sẽ phát triển nhờ các giá trị tự thân.

Mary Morrison trở về Anh và qua đời năm 1821; Bà Milne đã mất trước đó. Đến năm 1822, William Milne cũng từ trần để lại Morrison là người đơn độc trong số bốn nhà truyền giáo đầu tiên đến Trung Hoa. Đất nước này vẫn lãnh đạm với phúc âm.